自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年，因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民前往宇宙的同时，也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想，成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和

获得了新的力量的女儿们的逆袭——夜叉姬的使命，即将揭晓！

为了更好的对方地球人以及阿东阿南为首的特卫队，沙林启用了被地球人遗弃的开矿机器人，被给与他们的新的生命体，而这群机器人中为首的，就是天灾。天灾被地球人遗弃后，在北极意外也获得了部分起源魔石的能量。天灾为了报复自己被地球人抛弃，死心踏地的为沙林卖命，并为沙林献上一条阴谋诡计，就是故意向阿东阿南挑战，并乘机抓住污染星公主，把所有的特卫队员都引入到他们的飞船里，准备把阿东阿南一网打尽。最后的决战，到底谁会获胜呢？！