八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿与父亲黄麒英、十四姨、徒弟梁宽、鬼脚七一行人南下番禹，欲与十三姨、猪肉荣、牙擦苏汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张云麟、张保仔等人展开连场搏杀……

梁宽(张家辉饰）乃一低级警务人员，多次担任卧底小角色。郁郁不得志之时，长官忽派他调查大老千法拉利（王晶饰），梁宽才找到自信。一日梁宽陪女友pizza（关秀媚饰）参加姐姐（吴君如饰）为姐夫大老千黄师虎（周星驰饰）短暂出狱期间举办的宴会，梁宽在宴会上态度嚣张，被黄师虎整蛊，于是怀恨在心。梁宽卧底于法拉利周围，在沙滩上偶遇美女初恋（林熙蕾饰），被其美色所迷。梁宽自认得到法拉利信任，不料，还没找到犯罪证据，反而先落入初恋的美人计陷阱中，差点丢了工作。Pizza不计前嫌，与梁宽商量找姐夫帮忙，却不料姐夫早已为梁宽设

黄飞鸿为了接从美国回来的十三姨，带着徒弟梁宽、牙擦苏、猪肉荣前往广州。途中与恶棍十一少发生冲突，结下仇怨。繁华的广州街头，正是朱门酒肉臭，路有冻死骨，大批难民和劳工，生活在艰苦贫穷的低下层。一日，十一少带领一班歹徒追杀革命志士何昌，幸得黄飞鸿挺身相助，杀退恶徒。自此黄飞鸿与十一少的仇恨越结越深。

电影讲述了1882年的广东，时局动荡，内忧外患。在广州，湖广商会为了争夺与英商布朗的合作权办了一场擂台赛。梁宽来到擂台替师弟出头，谁知这竟然是英商布朗的阴谋，狂化了的鬼脚七像猛兽一般竟要置梁宽于死地。这时黄飞鸿及时出现救下梁宽，谜底则一点点揭开，英国人来到中国的目的居然是为了制造“战争机器”。而飞鸿一等人这时才刚刚察觉到，这一切的幕后主使另有其人。