故事延续上部结局，李家俊背后更大的势力逐渐浮出水面，香港各部之间的权力制衡更加紧张，再掀巨大波澜。这一部讲述了经过寒战行动后，刘杰辉虽然升任警务处处长，但昔日的凶徒不仅逍遥法外，甚至要将行动进一步的升级绑架他的妻儿，而他也发现身边的同僚们也在玩着权力的游戏。

作为亚洲金融中心的香港被称作“最安全的城市”，岂料警局接到一通匿名电话，对方声称劫持了警队的一辆前线冲锋车以及车内的五名警员和武器装备。此次事件引起了香港警队高层的高度重视，适逢处长出访国外，此时由鹰派人物行动副处长李文彬与年轻的管理副处长刘杰辉一起负责这次案件，并将行动命名为“寒战”，李文彬任总指挥。李文彬的儿子也是人质之一，刘杰辉因此对李文彬父子产生怀疑。与此同时，匪徒展开了进一步行动：警察被杀、爆炸案频发……到底是谁在将整个警队玩弄于鼓掌之中？香港真的是“最安全的城市”吗？