在回到地球的过程中，博士的重生出现了问题，一直在昏睡。有外星人捕获到博士重生时散发的残余能量，追踪到地球。博士因被外星机器人追杀过早苏醒，更加恶化了重生。而这时，外星人已经控制了所有A 型血的地球人，试图让他们自杀来逼地球投降。关键时刻，博士苏醒，利用古老的决斗法则逼外星人首领决斗，最终博士获胜，而答应退走的外星人却被火炬木毁灭。

本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

为了更好的对方地球人以及阿东阿南为首的特卫队，沙林启用了被地球人遗弃的开矿机器人，被给与他们的新的生命体，而这群机器人中为首的，就是天灾。天灾被地球人遗弃后，在北极意外也获得了部分起源魔石的能量。天灾为了报复自己被地球人抛弃，死心踏地的为沙林卖命，并为沙林献上一条阴谋诡计，就是故意向阿东阿南挑战，并乘机抓住污染星公主，把所有的特卫队员都引入到他们的飞船里，准备把阿东阿南一网打尽。最后的决战，到底谁会获胜呢？！