2014 年 8 月，北浔市一栋民居发生火灾，巨大火势迅速蔓延，少女南初被困家中。失去意识前的最后一秒，南初看见一名消防员破门而入，将她抱出烈火。隔着面罩，南初记住了他的眼睛，还有编号。也是同一天，岷石县发生 6.9 级地震。孟国弘带领北浔市滨西区消防特勤中队，前往敬德中学救灾抢险。地震现场惨烈异常，死伤众多。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。